يتم تطبيق الفوترة الإلكترونية على مرحلتين، المرحلة الأولى “مرحلة الإصدار والحفظ” بدأت من 4 ديسمبر 2021م لكل الأشخاص الخاضعين للائحة الفوترة الإلكترونية ومن ينيب عن المكلف بإصدار الفاتورة. إصدار الفواتير الإلكترونية سيكون مماثل لإصدار الفواتير اليوم ولكن من خلال نظام فوترة إلكتروني متوافق وتكون الفاتورة متضمنة لكل العناصر المطلوبة بناءً على نوع الفاتورة.
فيما يتعلق بالمرحلة الثانية، والتي بدأت في 1 يناير 2023م بشكل مرحلي، حيث يجب أن يتكامل الحل الإلكتروني مع نظام هيئة الزكاة والضريبة والجمارك ويجب أن تصدر الفواتير الإلكترونية في الصيغة المطلوبة.